Nel 1525 l'Ordine Teutonico aveva perso ogni suo territorio, che oramai era diventato il Ducato di Prussia, dove l'Ordine cessò di esistere. Una piccola parte dei Cavalieri si trasferì da Königsberg alla sede del Deutschmeister nel Sud della Germania, e più precisamente a Bad Mergentheim presso Würzburg, gli altri si dispersero.
Una volta in Germania gli Hochmeister divennero anche Deutschmeister (Maestro di Germania); a Bad Mergentheim hanno risieduto sino al 1809, quando Napoleone abolì l'Ordine Teutonico.
Nel 1525, quando l'Hochmeister Alberto di Hohenzollern si era convertito al luteranesimo ed era stato scomunicato, Walter von Cronberg, Deutschmeister dell'Ordine Teutonico, richiese il titolo di Hochmeister. La sua richiesta era basata su una regola istituita dall'Hochmeister Werner von Orseln nel XIV secolo, la quale affermava che che, nel caso di assenza dell'Hochmeister, il Landmeister di Livonia o il Deutschmeister dell'Ordine poteva prenderne la posizione.
Tuttavia la decisione di Walter von Cronberg venne accolta con una certa resistenza da Wolter von Plettenberg, Landmeister di Livonia, il quale pretendeva lo stesso titolo.
Il 16 dicembre 1526 si riunì il Capitolo Generale che elesse ufficialmente Walter von Cronberg come Hochmeister. Questi venne confermato dall'Imperatore, ma con il nuovo titolo per lui e per i suoi successori di "Maestro dell'Ordine Teutonico in Germania e in Italia e Amministratore del Gran Magistero", con l'obbligo per tutti i comandanti dell'Ordine e per il Landmeister di Livonia di dargli il rispetto e l'obbedienza dovuta all'Hochmeister dell'Ordine.
Il Capitolo inoltre stabilì che da quel momento la carica di Hochmeister fosse indivisibile da quella di Deutschmeister, il che fu ratificato da Carlo V il 18 gennaio 1527.
Il titolo in tedesco venne successivamente modificato come "Administrator des Hochmeisteramptes in Preussen, Meister teutschen Ordens in teutschen e wälschen Landen" (Amministratore dell'incarico di Gran Maestro in Prussia, Maestro dell'Ordine Tedesco nei territori tedeschi ed italiani) che rimase il titolo del capo dell'Ordine fino al 1834. Così, a partire dal 1529, Hochmeister portò ufficialmente il doppio titolo di “Hoch- und Deutschmeister” (Gran Maestro e Maestro di Germania).
Alla Dieta di Spier del 1529 Walter von Cronberg abbandonò il seggio destinato al Deutschmeister, sedendosi al posto destinato all'Hochmeister, dopo l'Arcivescovo di Salisburgo e di fronte al Vescovo di Bamberg.
Il 26 luglio 1530 Walter von Cronberg venne formalmente investito della sovranità sulla Prussia dall'Imperatore in una solenne cerimonia destinata direttamente a sfidare il potere di Alberto di Hohenzollern; purtroppo con poco effetto reale.
Visto che oramai non poteva più essere esercitato alcun controllo da Königsberg, la sede dell'Hochmeister venne spostata nel sud della Germania, a Bad Mergentheim nei pressi di Würzburg, dove era la sede del Deutschmeister.
Nella nuova sede, l'Hochmeister Walter von Cronberg si dedicò a salvare il carattere cattolico dell'ordine. Egli ebbe comunque ben poco successo nel prevenire la tendenza dei Cavalieri a convertirsi al protestantesimo. Anche in Sassonia, Olanda ed Assia i Cavalieri Teutonici passarono alla riforma, tuttavia, puro avendo rotto il giuramento, conservarono l'abito, l'appellativo ed i beni.
Georg Wolfgang von Schutzbar, aveva già sostituito Walter von Cronberg diverse volte, anche rappresentando i Cavalieri Teutonici nelle Diete dell'Impero e nel 1543, ne prese il posto, divenendo Hoch- und Deutschmeister.
A Bad Mergentheim fece costruire il municipio, il primo acquedotto e la piazza del mercato.
Durante il suo mandato entrò in forte conflitto con il protestante Margravio di Kulmbach, tanto che la controversia portò ad una guerra che terminò con la sconfitta dell'Ordine Teutonico. Nel 1552 il castello di Mergentheim cadde ed l'Hochmeister Georg Wolfgang von Schutzbar fu costretto a fuggire a Mainau.
La grave situazione che si era creata in Germania fece trascurare all'Hochmeister Georg Wolfgang von Schutzbar la sovranità che pure aveva con i Cavalieri di Livonia. Gotard Kettler, il Landmeister di Livonia, non ricevendo assistenza dalla sede centrale dell'Ordine Teutonico, si convertì al luteranesimo, secolarizzò l'Ordine di Livonia e creò il Ducato di Curlandia e Semgallia nel 1561 come stato vassallo del Granducato di Lituania.
Durante il mandato di Georg Wolfgang von Schutzbar, l'Ordine Teutonico continuò ancora con l'assunzione di sacerdoti e di suore che si dedicavano al servizio ospedaliero e ad altri servizi umanitari, ma i religiosi erano membri separati dai laici e dai Cavalieri professi, visto che per questi ultimi venne eliminato il requisito che dovevano vivere in un convento dell'Ordine.
La proposta nel 1545 per unire i Cavalieri Teutonici con i Cavalieri di San Giovanni non ebbe successo. Nel frattempo i principali sforzi diplomatici dell'Ordine si concentrarono sul recupero dei loro territori di Prussia, un progetto in cui furono continuamente delusi. L'Ordine non perse i Cavalieri che abbracciarono il protestantesimo e comunque, nel luogo in cui l'Ordine cambiò confessione, i Cavalieri generalmente si adeguarono alla nuova situazione.
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