Dopo la morte del Maestro, il Priore del monastero di Uclés gestiva il governo dell'Ordine e convocava i Tredici per eleggere un nuovo Maestro. Molti dei poteri dei Tredici furono persi dopo la creazione del “Consiglio degli Ordini”,quando fu incorporato dalla Corona su autorizzazione del Papa Adriano 4°.
Dal 14° secolo per l'elezione del Maestro veniva scelto un personaggio della famiglia Reale o vicino alla Corte Reale. A partire dal 15° secolo l'elezione è stata considerata un diritto della Corona e nel corso di questo secolo, vennero scelti dei nobili favoriti dei Re: Enrico d'Aragona, figlio del reggente di Castiglia; Fernando di Antequera; Alvaro de Luna, favorito di Juan 2°; l'Infante Don Alfonso; Beltrán de la Cueva; Juan Pacheco, Marchese di Villena, favorito di Enrico IV; Diego Lopez Pacheco, Marchese di Villena (che non venne riconosciuto come Maestro per non essere stato nominato ne a León ne a Uclés).
Più tardi, Carlo 1° e Filippo 2° diedero all'Ordine di Santiago la forma che ha oggi: composto da un presidente, otto ministri togati, un fiscale, un segretario, un contabile generale, uno sceriffo maggiore e un tesoriere, con quattro procuratori generali e quattro fiscali, corrispondenti a ciascuno dei quattro Ordini Militari di Spagna.
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