Nel 1490 il Gran Magistero dell'Ordine di Avis fu trasferito al Principe Alfonso, figlio del Re Giovanni II del Portogallo. Poco più di un anno e mezzo dopo il Principe Alfonso morì in circostanze misteriose, per una caduta da cavallo durante una passeggiata lungo le sponde del Tago.
Gli successe Giorgio di Lencastre, figlio illegittimo del Re Giovanni II del Portogallo e della suaamante Anna de Mendonça.
Alla morte nel 1551 di Giorgio di Lencastre, durante il Regno di Giovanni III del Portogallo, il Gran Magistero dell'Ordine di Avis venne costituito in perpetuo alla Corona Portoghese, perdendo ogni suo carattere religioso. Nello stesso anno papa Giulio III permise ai suoi membri di disporre liberamente dei propri beni (anche in contrasto con il voto di povertà). A questo punto, l'unico criterio richiesto per l'ammissione all'Ordine era quello di appartenere alla nobiltà portoghese, come venne confermato da un Decreto Reale del 1604.
Il 1 agosto del 1789, la Regina Maria I del Portogallo, con l'aiuto di papa Pio VI, tentò di riformare l'Ordine di Avis, ma finì per secolarizzarlo assieme all'Ordine di Sant'Iago della Spada e all'Ordine del Cristo, sebbene avesse tenuto i Grandi Magisteri ancora integrati alla Corona.
Da questa secolarizzazione nacque la Banda di Tre Ordini, con la quale da allora sono stati insigniti i Capi di Stato portoghesi (Re o Presidenti).
Nel 1910, con l'istituzione della Repubblica, venne abolito il “Real Ordine Militare di San Benedetto d'Avis”, come il Re Carlo I aveva chiamato l'Ordine nella sua riforma del 1894. Tuttavia, la necessità di decorare i soldati portoghesi che combatterono durante la Prima Guerra Mondiale, portò alla sua reintegrazione nel 1917, con il nome che conserva tuttora di “Ordine Militare di Avis”.
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